合同實質變更法律后果是按照新的協議履行；

合同的變更，主要是在保持原合同關系的基礎上，使合同內容發生變化。合同變更的實質是以變更后的合同條款代替了原合同條款，使當事人之間產生了新的權利義務關系。因此，在合同發生變更以后，當事人應當按照變更后的內容履行，任何一方違反變更后的合同內容都構成違約。

合同的變更不能對已履行的部分產生效力，對于已按原合同所作的履行無溯及力，任何一方都不能因為合同的變更而單方面要求另一方返還已經作出的履行。但是，對于已經支付的價款或者報酬(或其他費用)和標的物數量多于變更后的，多收的部分應當返還。

其他法律規定或者當事人約定變更合同時可以免責的。在合同明確規定免責的情況下，只要不違反法律規定，當一方當事人提出變更時，可以不承擔賠償責任。

二、變更索賠是什么意思

變更是指修正設計圖紙中的錯誤、漏項、增減工程以及為優化設計、方便施工發生的變更。

因修正設計圖紙中的錯誤、漏項和改變結構、增減單項工程致使施工單位增減費用以及為優化設計、方便施工發生的變更。主要有：

1.現場實際施工環境與設計圖紙不符，主要表現為地質情況的差異、地面橫斷面變化、分項工程數量差等；

2.業主基于質量、安全、造價、竣工后使用等原因，要求增減的工程項目，以及為滿足環保等要求需增設的工程；

3.應地方政府和當地群眾要求需增設的工程。

索賠是指在合同實施過程中，因非自身原因造成的工程延期、費用增加而要求業主給予補償損失的權利要求。